Une bactérie intestinale longtemps ignorée se retrouve au cœur de la recherche en France — et pourrait transformer radicalement la prise en charge de la maladie de Crohn.
Alors que les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin sont diagnostiquées de plus en plus souvent, des équipes françaises explorent une piste aussi surprenante qu'prometteuse : plutôt que de se contenter de freiner le système immunitaire, l'idée serait de réintroduire délibérément une bactérie clé absente de l'intestin — sous forme de biothérapie vivante, puisée directement dans notre propre microbiome.
Un regard renouvelé sur la maladie de Crohn
La maladie de Crohn est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI) dans laquelle le système immunitaire s'attaque en permanence à la muqueuse intestinale. Résultat : douleurs abdominales, diarrhées, fatigue persistante et, souvent, des interventions chirurgicales inévitables. Jusqu'à présent, la plupart des traitements visent à bloquer des médiateurs inflammatoires comme le TNF-α ou à atténuer globalement la réponse immunitaire.
Parallèlement, l'intérêt pour le microbiome — c'est-à-dire l'ensemble des bactéries, virus et champignons qui peuplent l'intestin — ne cesse de croître. De nombreuses études le montrent clairement : lorsque cet écosystème se déséquilibre, le risque d'inflammation augmente. Chez les patients atteints de la maladie de Crohn, une lacune bien particulière dans la composition bactérienne attire l'attention des chercheurs.
Chez de nombreux patients Crohn, une espèce bactérienne est absente — alors qu'elle compte parmi les habitants intestinaux les plus fréquents et les plus bénéfiques chez les personnes en bonne santé : Faecalibacterium prausnitzii.
Faecalibacterium prausnitzii : le maillon manquant de l'intestin
Chez l'adulte en bonne santé, Faecalibacterium prausnitzii — souvent abrégée en F. prausnitzii — figure normalement parmi les bactéries dominantes du côlon. Elle produit notamment du butyrate, un acide gras à chaîne courte qui alimente les cellules intestinales en énergie et maintient l'intégrité de la muqueuse.
Plusieurs études convergent vers le même constat : les personnes présentant une proportion élevée de F. prausnitzii dans leurs selles affichent généralement un meilleur état de santé global. À l'inverse, une faible quantité de cette bactérie est associée aux MICI, et parfois à certains types de cancers.
Chez les patients atteints de la maladie de Crohn, cette bactérie est nettement moins présente, et en quantité bien moindre. Des travaux antérieurs avaient déjà mis en évidence ses propriétés anti-inflammatoires, notamment :
- La stimulation de la production d'IL-10, un médiateur aux effets anti-inflammatoires reconnus
- Le renforcement des mécanismes de protection des cellules intestinales, comme l'autophagie — une sorte de « recyclage cellulaire »
- La stabilisation de la fonction barrière de la muqueuse intestinale
Ce qui restait flou, c'était la façon dont F. prausnitzii communique précisément avec les cellules immunitaires humaines. C'est exactement là que la nouvelle étude française entre en scène.
Comment une bactérie peut reprogrammer les cellules immunitaires
Des chercheurs de la Sorbonne Université, de l'Inserm, de l'INRAE, de l'AP-HP et de la biotech Exeliom Biosciences ont analysé des cellules sanguines et intestinales prélevées chez des patients atteints de la maladie de Crohn ainsi que chez des personnes saines. Leur attention s'est portée sur les monocytes CD14+, une sorte d'avant-garde du système immunitaire capable d'activer rapidement une inflammation — ou, au contraire, de la tempérer.
Ces cellules ont été exposées en laboratoire à différents stimuli :
- La substance bactérienne LPS, un puissant déclencheur d'inflammation
- Diverses bactéries intestinales
- La souche spécifique EXL01 de F. prausnitzii
Les résultats sont nets : F. prausnitzii pousse les monocytes à sécréter d'importantes quantités d'IL-10, le médiateur anti-inflammatoire, et ce de façon dose-dépendante. Dans le même temps, les cytokines pro-inflammatoires classiques comme l'IL-23 et le TNF-α n'augmentent pas dans les mêmes proportions que sous l'effet du LPS.
La bactérie fait basculer l'équilibre de la réponse immunitaire vers le « calme » plutôt que vers l'« alerte » — en modifiant même le métabolisme énergétique des cellules pour y parvenir.
Une reprogrammation métabolique plutôt qu'une inflammation en continu
Ce qui rend la découverte particulièrement fascinante : F. prausnitzii ne se contente pas de modifier les signaux chimiques, elle reconfigure aussi le fonctionnement interne des cellules immunitaires. Les monocytes basculent vers une respiration mitochondriale accrue — la phosphorylation oxydative — tandis que la glycolyse, mode d'énergie rapide et « frénétique » privilégié par de nombreuses cellules inflammatoires, perd de son importance.
Lorsque les chercheurs ont bloqué cette respiration mitochondriale à l'aide d'un inhibiteur, l'effet sur l'IL-10 s'est considérablement affaibli. L'action anti-inflammatoire est donc directement liée à cette réorientation énergétique cellulaire.
Les autres bactéries intestinales testées n'ont pas réussi à reproduire cet équilibre : elles n'ont produit ni le profil énergétique caractéristique, ni un rapport aussi favorable entre IL-10 et TNF-α. F. prausnitzii occupe ainsi une position singulière et unique.
La biothérapie vivante : ce que représente EXL01
Ces données alimentent une vision ambitieuse : utiliser F. prausnitzii elle-même comme traitement — non plus sous forme de transplantation fécale ou de probiotiques génériques, mais comme une souche bactérienne précisément sélectionnée et standardisée. C'est ce qu'Exeliom Biosciences développe sous le nom EXL01, une véritable « biothérapie vivante ».
EXL01 est actuellement évaluée dans le cadre du traitement des inflammations intestinales. Un essai clinique examine si cette souche peut contribuer à stabiliser la rémission dans la maladie de Crohn, c'est-à-dire à retarder ou atténuer les rechutes. Les chercheurs attendent les premières données au cours de l'année 2026.
| Aspect | Thérapie conventionnelle | Biothérapie vivante EXL01 |
|---|---|---|
| Mécanisme d'action | Blocage des facteurs inflammatoires, immunosuppression | Modulation du microbiome, reprogrammation des cellules immunitaires |
| Cible | TNF-α, IL-23, voies JAK, etc. | Monocytes CD14+, écosystème intestinal |
| Nature du produit | Molécules chimiques ou biologiques | Souches bactériennes vivantes |
| Questions ouvertes | Effets secondaires à long terme, développement de résistances | Stabilité dans l'intestin, sécurité en cas d'immunodépression |
Ce que cela pourrait changer pour les patients
Si EXL01 fait ses preuves en pratique clinique, l'éventail thérapeutique disponible pour la maladie de Crohn pourrait s'élargir considérablement. On pourrait imaginer qu'en complément des immunomodulateurs, les patients bénéficient un jour d'une « cure microbiomique » ciblée — remplaçant les bactéries manquantes et rééquilibrant le système immunitaire, plutôt que de simplement l'inhiber.
Cette approche serait particulièrement intéressante pour les personnes qui tolèrent mal les biothérapies classiques ou qui continuent à faire des rechutes malgré un traitement intensif. Des combinaisons restent également envisageables : les biothérapies vivantes pourraient fonctionner en parallèle des médicaments existants et peut-être en réduire la dose nécessaire.
Cela dit, les chercheurs invitent à tempérer les attentes. Plusieurs obstacles restent à franchir avant une application à grande échelle :
- Démontrer que la souche bactérienne peut coloniser durablement l'intestin
- Observer les éventuels effets indésirables, notamment chez les personnes immunodéprimées
- Assurer une fabrication dans des conditions stables et reproductibles
- Identifier les groupes de patients qui bénéficieraient le plus de ce traitement
Risques, questions en suspens et scénarios possibles
L'utilisation de bactéries vivantes comme médicament soulève des questions de sécurité spécifiques. Les bactéries se multiplient, échangent des gènes avec d'autres microbes et réagissent de façon sensible aux antibiotiques, à l'alimentation et aux autres traitements. Les chercheurs doivent donc vérifier avec précision si une souche comme EXL01 pourrait, dans de rares cas, déclencher des effets indésirables.
Un scénario possible : un patient atteint de Crohn reçoit EXL01, puis prend peu après un antibiotique à large spectre, et la souche disparaît. L'effet thérapeutique deviendrait alors incertain. Un autre scénario concerne les patients présentant des fistules ou une paroi intestinale endommagée — il conviendrait de vérifier si des bactéries pourraient passer dans la circulation sanguine.
Malgré ces interrogations, les travaux sur F. prausnitzii illustrent avec force l'impact qu'une intervention ciblée sur le microbiome peut avoir sur les processus immunitaires. Cette approche pourrait théoriquement s'étendre à d'autres maladies inflammatoires, comme la rectocolite hémorragique ou certaines maladies auto-immunes systémiques dans lesquelles les bactéries intestinales jouent un rôle reconnu.
Ce que les patients peuvent faire dès maintenant
Dans l'attente d'une éventuelle autorisation de mise sur le marché pour EXL01, cette étude reste avant tout un signal d'espoir et une pièce supplémentaire dans la compréhension de la maladie de Crohn. Elle démontre que le microbiome intestinal n'est pas un simple spectateur passif, mais un acteur à part entière des réactions inflammatoires.
Concrètement, cela ne signifie pas qu'un yaourt ordinaire ou un probiotique vendu en pharmacie peut remplacer F. prausnitzii. La variante bactérienne étudiée est une souche précisément définie et validée médicalement. Il reste néanmoins utile de s'intéresser aux facteurs qui soutiennent le microbiome dans son ensemble, notamment :
- Une alimentation adaptée à la maladie, aussi équilibrée que possible, établie en concertation avec un médecin spécialiste
- L'arrêt du tabac, dont les effets néfastes sur l'évolution de la maladie de Crohn sont clairement documentés
- Une utilisation mesurée des antibiotiques, chaque fois que cela est médicalement justifiable
- Des contrôles réguliers chez le gastro-entérologue pour détecter les poussées inflammatoires le plus tôt possible
Les recherches autour de F. prausnitzii illustrent de manière saisissante à quel point un « petit » micro-organisme peut influencer des mécanismes complexes à l'échelle de tout l'organisme. Pour les personnes vivant aujourd'hui avec la maladie de Crohn, ce n'est pas encore une solution miracle — mais c'est un aperçu concret des thérapies de demain, issues directement de notre propre microbiome.
